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北西太平洋(→ 太平洋)に位置する南北2400kmにわたる島々の連なりで、海にむかってはりだした弓形の島弧となっている。 狭義には北海道、本州、四国、九州の4島をさし、広義には北東につらなる千島列島と南西につらなる南西諸島もふくまれる。北は流氷がおしよせる亜寒帯(→ 冷帯)に、南はサンゴ礁が発達する亜熱帯に属するが、ほとんどが温帯にあって、親潮と黒潮に洗われ、四季(→ 季節)の変化にとむ豊かな自然にめぐまれている(→ 気候)。 島弧としてみると、北から千島弧、東北日本弧、伊豆・小笠原弧、西南日本弧、琉球弧からなる。島弧の大洋側には深さ6000mをこえる海溝が並走しており、それらに千島海溝、日本海溝、伊豆・小笠原海溝、南海トラフ、南西諸島海溝がある。海溝のつながりから、島弧は東日本島弧系と西日本島弧系にわけられ、それぞれが太平洋プレート(→ プレート)とフィリピン海プレートの沈み込み(→ 沈み込み帯)に対応している。大陸側にはオホーツク海、日本海、東シナ海といった縁海が広がっており、そこには千島海盆、日本海盆、沖縄トラフの深い海がある(→ 海底地形)。
日本列島は太平洋プレートとフィリピン海プレートの2つのプレートがしずみこみ、海溝-火山列島-縁海(日本海)からなる地形をつくっている。日本列島のはげしい地震や火山などの地殻変動はプレートの沈み込みに起因する。
南海トラフではフィリピン海プレートが年間3cmほどの速度で北西方向にしずみこんでおり、これにともなってトラフ底に堆積した地層が、ちょうどベルトコンベヤーではこばれた土砂のように、おしつけられてもりあがっていくようすが認められている。おしつけられた堆積物は、断層や褶曲をともないながらフィリピン海プレートからはぎとられ、四国や紀伊半島の沖合で陸側の斜面を形づくっている。このようにして海洋プレートから陸側につけくわわった地層群のことを海溝付加体(→ 付加体)とよぶ。すなわち、南海トラフでは赤石山脈から削剥(さくはく)された堆積物(タービダイト)や半遠洋性堆積物(プランクトン、火山灰、粘土などからなる)が付加体を形成し、西南日本沖合に新しい地殻(南海付加体)をつくりつつあることがわかってきた。 中部山岳から南海トラフに堆積物が供給される経路はプレート運動による結果である。第三紀中新世の約1500万年前より伊豆・小笠原島弧が本州島弧に衝突をはじめ、その結果中部地方での山脈の隆起がおこり、山脈と深海底を直結する堆積物の運搬経路がつくられたのである。
日本列島の陸上の地質をながめてみると、第四紀から第三紀中新世までの火山岩や堆積岩が広く分布し、現在の日本列島の姿は、この時代にできあがったことがわかる。それ以前の岩石は、北海道、東北日本では、ところどころに露出し、また西南日本では、帯状の分布をしめしながら、比較的広くみられる。以下に、日本列島の「土台」となる第三紀中新世以前の地質をみてゆくことにする。 中新世以前の地質については、同じような年代や岩石の種類、地質構造から構成される地域を「地帯」として区分し、21余りの地帯が分類されている。さらに、地帯と地帯の境界には、中央構造線などの断層帯が存在している。
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