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有機化合物の化学的性質を決定する原子団をさす。有機化合物の化学反応は、官能基単位であることが多いため、同じ官能基をもつ化合物は、その性質がたがいによく似ている。
酢酸やギ酸(蟻酸)などのカルボン酸中には酸性をしめす原子団であるカルボキシル基-COOHがふくまれる。アルコールには-OHであらわされるヒドロキシル基(水酸基)がふくまれる。カルボキシル基、ヒドロキシル基はともに、水に馴染みやすい原子団(親水基)であり、この原子団をもつ物質は水にとける可能性が高い。だが、実際にとける、とけないは、他の部分の原子団とのバランスで決定する。 低級アルコールや低級カルボン酸のように分子量が小さいときは水溶性となり、高級アルコールや高級カルボン酸のような分子量が大きいものは疎水基(水に馴染みにくい原子団)である炭化水素基の影響が大きくなり難溶性になってくる。 -NH2はアミノ基とよばれ、塩基性で水にとけやすい。また、-NO2はニトロ基とよばれ、水にとけにくい。またこの原子団をもつ物質は、火薬の原料となりやすい。
おもな官能基には次のようなものがある。
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