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微生物の作用によって米、大麦、大豆などの穀類を原料として、アルコール飲料、食酢、味噌、醤油などを製造すること。日本では、そのうち酒の製造をおもな目的とすることを、酒造といっている。 穀類や芋(いも)類のデンプンだけでなく、乳、魚類の身などの動物性原料をふくめて、発酵させて製造される食品を発酵食品、あるいは、ひろい意味をもたせるために、微生物利用食品と総称する。とくに日本では、古くから麹(こうじ)をもちいて、さまざまな発酵食品を生みだしてきた。麹は、米などの原料にコウジカビを大量に繁殖させたものである。 日本では古代には、醸造することを「かもす」といったが、これは、女性が米をかみくだいて、唾液(だえき)にふくまれるデンプン分解酵素(→ 酵素)の作用を利用して発酵させたところから、かむが転化したものという説がある。また、「古事記伝」では、かむたち(麹のこと)によって酒をつくったことに由来するともいわれる。 環太平洋の各地域には、口嚼酒(くちかみのさけ)をつくる方法が分布し、女性とくに処女の唾液で酒をつくっていた。ヨーロッパのワインは、処女がブドウをふみつぶして、酒造がはじまったといわれ、風習としての共通性をうかがわせるが、とくに女性が効率的な醸造ができるという科学的な根拠はとぼしく、原始的な信仰からと考えられる。
醸造の進歩には民族独自の信仰や生活習慣にくわえ、気候風土が密接に関係する。一般的に冬に多湿ではあるが、温度の高い夏に乾燥している地中海気候の地域ではカビ類の成長はむずかしく、麦の発芽時に生成する糖化酵素を応用したビール製造が盛んになった。しかしながら、高温多湿な日本、中国、東南アジアなどの照葉樹林帯では、微生物の繁殖に適していることから、カビ類から生産される糖化酵素を応用した酒の醸造が主流となった(→ 照葉樹林文化)。近年、日本が、醸造学の分野で世界をリードしてきたのも、このような自然環境が大きく影響している。
発酵食品は、古くから産地によって独特の風味があることが知られている。ワインや日本酒でも特定の産地で、一定の製法でつくられたものが、高級品とされてきた。その要因としては、原材料の違い、水質の微妙な差、気候などが考えられるが、微生物の種類の違いも大きく影響している。 特定の場所で、微生物が分布して繁殖している種類の状態を、ミクロフローラ(Microflora)というが、古くからその状態を大きく変化させないようにして、醸造工程が考えられてきた。 ヨーロッパのワイナリーが、換気のよくないところにカビだらけの状態で製品を保管したり、日本の甘酒づくりなどでは地下に麹蔵をもうけたり、フランス産のロックフォールチーズは、洞窟で製造されるというように、微生物の生態系をくずさないようにしている。また、醸造所は、果樹園や花の多い場所をさけて、外から有害な菌類が侵入しないように配慮している。
醸造の技術的進歩は、また、腐敗(→ 腐敗と分解)の原因となる不用の微生物をいかにのぞくかという戦いでもあった。1683年、オランダのレーウェンフックは顕微鏡を自作して微生物の存在を確認した。1857年、フランスのパスツールは、ぶどう酒の酸敗に着目して乳酸菌の関与を発見した。さらに、ワインの発酵がブドウの表面に付着している酵母菌の作用によることも明らかにした。1800年代後半に、ドイツのコッホらは、滅菌技術を確立して、微生物の純粋培養に成功し、今日の醸造学の飛躍的発展の基礎を確立した。 日本の本格的な醸造研究は、たとえば、アトキンソン(R.W.Atkinson)による、日本酒醸造の研究など明治初頭における欧米研究者の活躍によるところが大きい。
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