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おもに水中にくらし、光合成によって酸素を発生させる生物のうち、陸上に生息するコケやシダ、種子植物をのぞくすべてを藻類とよぶ。かつては下等な植物群を藻類としていたが、現在では、光合成をおこなう生物すべてを意味し、シアノバクテリア(藍色植物)やプロクロロン(→ 原核緑色植物)などのように核をもたない原核生物もふくめている。
鞭毛をもって遊泳する藻類を、動物分類学では鞭毛虫亜門の植物性鞭毛虫類としてあつかうことが多いが、ここでは、多くの生物学者と同様に、藻類をいくつかの界にわける分類法をとっている。 藍色植物門と原核緑色植物門は原核生物で、酸素発生型光合成をおこなうが細菌の仲間であり、モネラ界に属している。 真核生物の中での藻類の分類は、植物界をどこで区切るかによってことなる。植物を、光合成をおこなう多細胞生物と考えた場合、単細胞の藻類は原生生物Protista界に、そして多細胞構造をとるものは植物界に分類される。一方、植物は胚をつくる光合成生物(コケ、シダ、種子植物)と定義されることがある。その立場にたてば、真核生物の藻類はすべて従来の原生動物とともに原生生物Protoctista界に分類される。→ 原生生物
最近の研究では、真核生物の藻類は、灰色植物、紅色植物、緑色植物、クリプト植物、クロララクニオン植物、黄色植物、ハプト植物、渦鞭毛植物、ユーグレナ植物の9つの植物門に分類される。 これらは、光合成色素、葉緑体、貯蔵物質、細胞壁の構成、運動性細胞の鞭毛の有無や特徴、核の有無や染色体の構造などといった特徴で定義されている。藻類には陸上のコケやシダ、種子植物と同じ系統に属する緑色植物のほかに、これらと起源がことなる多くの系統に属するグループがふくまれている。たとえば褐藻や珪藻がふくまれる黄色植物門は緑色植物とはことなる起源をもつ生物群である。
藻類には顕微鏡でしか観察できない微細藻類から、黄色植物に属する褐藻のオオウキモのように65mにも達する大型の種もある。
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