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藍藻またはシアノバクテリアともいう。酸素を発生する光合成をおこなうために、長い間、下等な植物とされてきた。しかし、核(→ 細胞の「核」)、ミトコンドリア、葉緑体などの細胞内小器官をもたない原核生物であり、系統的には大腸菌や光合成細菌などと同じ細菌の仲間である。最近では、シアノバクテリア(青緑細菌)としてモネラ(原核生物)に分類されることが多いが、藻類の分類では藍色植物門としてあつかわれている。
真核生物に共生して葉緑体の起源となったのは藍色植物と考えられており、分子系統など多くの証拠がある。 細胞にはDNA(デオキシリボ核酸)やその他の細胞成分が膜につつまれずに存在する。光合成をおこなうチラコイドが細胞内で唯一めだつ膜で、1層の膜が同心円状または平行に配列している。 クロロフィルaのほかにフィコビリンという青や赤色の色素をもつ。これらがクロロフィルの緑色をかくしているため、青みがかったり、赤みがかったりしている。生殖は、単純な細胞分裂または糸状体の断片形成によっておこなわれる。
藍藻は世界じゅうのさまざまな環境に生息している。浮遊する種も多く、ほとんどは群体や糸状体を形成する。暑い気象条件下では、池や岸辺の水面に大きな水の華をつくる。毒素をつくる種もあり、その毒のふくまれた水をのんだ家畜が死ぬなどの被害がある。そのほか、樹皮、岩の上、しめった土の中などにも豊富にみられ、多くの種はそこで窒素固定をおこなっている。菌類と共生して地衣類を形成する種もある。温泉のような高温の環境で生育する種も多い。
オーストラリア西岸のシャーク湾など熱帯地方の浅瀬では、もつれた藍藻がそだち、ストロマトライトとよばれる小岩塊になる。ストロマトライトの化石は、30億年以上前の先カンブリア時代に形成された岩から発見されており、このことから、藍藻植物が当時の二酸化炭素の多い大気を、酸素を多量にふくむ現在の組成にかえる役割をはたしたことが推測される。
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