種子の胚の幼根が発育して、まっすぐ下にむかってのびる根をいう。主根の周りには、多くの側根が出る。裸子植物と双子葉植物の根の多くは、主根と側根からできている。ダイコンやニンジン、ゴボウなどは、主根が養分をたくわえ、とくに太くなったものである。単子葉植物の場合、主根は発芽直後に成長を停止し、不定根がひげ根をつくる。